Bài viết theo Thông tư 94/2026/TT-BTC có hiệu lực từ ngày 01/07/2026
- Rủi ro cao: kiểm tra sau hoàn trong 01 năm.
- Rủi ro trung bình: trong 03 năm.
- Rủi ro thấp: trong 05 năm.
Ba mốc đếm từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế. Cơ quan thuế cũng có thể kiểm tra sớm hơn các mốc trên, tùy tình hình thực tế và yêu cầu quản lý.
Hoàn trước hay kiểm tra trước
| Mức rủi ro | Hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng | Hồ sơ hoàn khác |
|---|---|---|
| Rủi ro cao | Kiểm tra trước, hoàn thuế sau, trừ một ngoại lệ | Kiểm tra trước, hoàn thuế sau |
| Rủi ro trung bình và thấp | Hoàn trước, kiểm tra sau với phần thuế chưa phát hiện rủi ro. Phần có dấu hiệu rủi ro thì tạm dừng hoàn | Hoàn trước, kiểm tra sau |
Với hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng ở mức trung bình và thấp, cơ quan thuế tách số thuế chưa phát hiện rủi ro để hoàn trước.
Phần số tiền thuế có dấu hiệu rủi ro thì tạm dừng hoàn để thu thập thông tin, rà soát, kiểm tra.
Trong 02 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế, cơ quan thuế xử lý xong phần tạm dừng.
Hồ sơ hoàn khác và các khoản thu khác khỏi có cơ chế tách phần này.
Ngoại lệ cho hồ sơ rủi ro cao
- Hồ sơ bị xếp rủi ro cao bởi cùng dấu hiệu thuộc nhóm tiêu chí khỏi chấm điểm so với hồ sơ hoàn liền kề trước đó.
- Kỳ kiểm tra hồ sơ hoàn liền kề trước đó khỏi phát hiện hành vi khai sai dẫn đến thiếu thuế hoặc tăng số được hoàn.
- Và hồ sơ khỏi thuộc diện rủi ro cao ở nhóm tiêu chí chấm điểm khác.
- Đủ ba điều kiện thì hồ sơ vẫn được hoàn trước, kiểm tra sau, dù mang nhãn rủi ro cao.
Hồ sơ có thể bị đổi diện giữa chừng
Trong quá trình giải quyết, nếu thông tin thu thập và rà soát xác định hồ sơ có dấu hiệu rủi ro cao, cơ quan thuế chuyển hồ sơ từ diện hoàn trước, kiểm tra sau sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau. Việc phê duyệt thay đổi phải được cập nhật vào hệ thống thông tin nghiệp vụ.
Cơ quan thuế của bên bán cũng vào cuộc
Theo đề nghị của cơ quan thuế giải quyết hoàn thuế, cơ quan thuế quản lý người nộp thuế phát hành hóa đơn có trách nhiệm phối hợp trao đổi thông tin, hoặc kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế, hoặc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. Nghĩa là hồ sơ hoàn của doanh nghiệp có thể kéo theo việc kiểm tra ở phía nhà cung cấp.
Việc cần làm
- Ghi mốc ngày ban hành quyết định hoàn thuế vào hồ sơ, vì mọi thời hạn đếm từ đó.
- Lưu trọn bộ chứng từ hoàn thuế ít nhất tới hết mốc 05 năm.
- Giữ kết quả kỳ kiểm tra hoàn thuế trước sạch, vì đó là điều kiện của ngoại lệ.
- Rà nhà cung cấp trước khi lập hồ sơ hoàn, vì cơ quan thuế bên bán có thể bị kéo vào kiểm tra.
- Chuẩn bị giải trình cho phần số thuế bị tạm dừng hoàn, và theo dõi trong 02 năm.
- Bảo đảm hồ sơ nhất quán trong suốt quá trình giải quyết, tránh bị đổi sang diện kiểm tra trước.
- Doanh nghiệp rủi ro thấp vẫn cần lưu hồ sơ đủ 05 năm, vì mốc kiểm tra sau hoàn dài nhất là ở nhóm này.
Hồ sơ rủi ro cao có được hoàn trước không?
Nguyên tắc là kiểm tra trước, hoàn thuế sau. Có một ngoại lệ khi hồ sơ bị xếp rủi ro cao bởi cùng dấu hiệu thuộc nhóm tiêu chí không chấm điểm so với hồ sơ liền kề trước, kỳ kiểm tra trước không phát hiện khai sai, và không thuộc diện rủi ro cao ở nhóm tiêu chí chấm điểm khác.
Rủi ro trung bình và thấp thì sao?
Hoàn thuế trước, kiểm tra sau đối với số thuế chưa phát hiện được rủi ro. Phần số thuế có dấu hiệu rủi ro thì cơ quan thuế tạm dừng hoàn để rà soát, kiểm tra.
Phần thuế bị tạm dừng hoàn xử lý trong bao lâu?
Trong thời hạn 02 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế.
Kiểm tra sau hoàn trong bao lâu?
Rủi ro cao trong 01 năm, rủi ro trung bình trong 03 năm, rủi ro thấp trong 05 năm, tính từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế.
Cơ quan thuế có được kiểm tra sớm hơn không?
Căn cứ tình hình thực tế và yêu cầu quản lý thuế, cơ quan thuế có thể thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế trước các thời hạn nêu trên.
Hồ sơ đang hoàn trước có bị đổi sang kiểm tra trước không?
Có. Khi thông tin thu thập, rà soát xác định hồ sơ có dấu hiệu rủi ro cao, cơ quan thuế chuyển sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau và cập nhật vào hệ thống thông tin nghiệp vụ.
Hồ sơ hoàn khác có được tách phần không?
Với hồ sơ hoàn khác và khoản thu khác, rủi ro cao thì kiểm tra trước hoàn sau, rủi ro trung bình và thấp thì hoàn trước kiểm tra sau.
Nhà cung cấp có bị ảnh hưởng không?
Cơ quan thuế quản lý người nộp thuế phát hành hóa đơn có trách nhiệm phối hợp trao đổi thông tin, hoặc kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế, hoặc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.
- Thông tư 94/2026/TT-BTC về quản lý tuân thủ, quản lý rủi ro trong quản lý thuế, Điều 16
- Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15
