Bài viết theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC hướng dẫn Luật Quản lý thuế và Nghị định số 252/2026/NĐ-CP, cả ba hiệu lực từ ngày 01/07/2026
Điều 26 Thông tư 89 gom ba nhóm khoản thu vào một chỗ: phí bảo vệ môi trường với khai thác khoáng sản, lệ phí trước bạ, và các loại phí lệ phí còn lại. Ba nhóm này có ba kỳ khai khác nhau, và nhóm đầu tiên còn có một nghĩa vụ mà nhiều đơn vị bỏ sót.
- Phí bảo vệ môi trường với khai thác khoáng sản khai theo tháng và quyết toán năm.
- Tháng không phát sinh phí vẫn phải kê khai và nộp tờ khai.
- Khai thác không thường xuyên thì khai theo lần phát sinh, nhiều lần trong tháng cùng một cơ quan thuế thì được gộp khai tháng.
- Nơi nộp là cơ quan thuế quản lý trực tiếp nơi khai thác, riêng dầu khí thì nộp cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
- Bên thu mua gom đã đăng ký nộp thay thì khai tại cơ quan thuế quản lý chính bên thu mua.
- Phí bảo vệ môi trường với nước thải công nghiệp và với khí thải khai theo quý.
- Các khoản phí, lệ phí khác khai theo tháng và tổ chức thu phí quyết toán theo năm.
Phí bảo vệ môi trường với khai thác khoáng sản
Kỳ khai
- Nguyên tắc là khoản thu khai theo tháng và quyết toán năm.
- Khai thác khoáng sản không thường xuyên đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp phép, hoặc không thuộc trường hợp phải cấp phép theo quy định pháp luật, thì khai theo lần phát sinh.
- Trong tháng phát sinh nhiều lần nghĩa vụ khai và cùng khai với một cơ quan thuế thì được chọn khai theo tháng, thay cho khai từng lần.
Trường hợp trong tháng không phát sinh phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản, người nộp thuế vẫn phải kê khai và nộp tờ khai với cơ quan thuế.
Đây là điểm khác với nhiều sắc thuế khác, nơi kỳ không phát sinh nghĩa vụ thì được miễn nộp hồ sơ.
Mỏ dừng khai thác vài tháng để sửa chữa hay chờ giấy phép vẫn thuộc diện nộp tờ khai hằng tháng, và đây là lỗi chậm nộp hồ sơ dễ mắc nhất ở nhóm này.
Nộp hồ sơ ở đâu
| Trường hợp | Cơ quan thuế tiếp nhận |
|---|---|
| Tổ chức, cá nhân khai thác khoáng sản | Cơ quan thuế quản lý trực tiếp nơi thực hiện hoạt động khai thác khoáng sản |
| Tổ chức, cá nhân thu mua gom khoáng sản đã đăng ký nộp thay người khai thác | Cơ quan thuế quản lý tổ chức, cá nhân thu mua khoáng sản |
| Phí bảo vệ môi trường đối với dầu khí | Cơ quan thuế quản lý trực tiếp |
Điểm cần lưu ý ở dòng đầu bảng: nơi nộp gắn với nơi khai thác, nên doanh nghiệp có nhiều mỏ ở nhiều tỉnh thì có nhiều đầu mối kê khai, khác với thuế thu nhập doanh nghiệp vốn khai tập trung rồi phân bổ.
Hai mốc quyết toán
- Kết thúc năm dương lịch hoặc năm tài chính, bao gồm cả trường hợp người nộp thuế tạm ngừng hoạt động, kinh doanh không trọn năm.
- Đến thời điểm giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động, chấm dứt hợp đồng, cổ phần hóa doanh nghiệp nhà nước, hoặc đến thời điểm tổ chức, doanh nghiệp bị chia, bị sáp nhập, bị hợp nhất.
Hồ sơ khai và hồ sơ quyết toán đều lấy theo điểm 11 Phụ lục I ban hành kèm Thông tư 89.
Lệ phí trước bạ
- Với tài sản phải đăng ký quyền sở hữu, quyền sử dụng, thời hạn nộp hồ sơ khai lệ phí trước bạ trùng với thời hạn nộp hồ sơ đăng ký quyền sở hữu, quyền sử dụng tại cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền, gồm cả trường hợp làm theo cơ chế một cửa liên thông.
- Hồ sơ khai lệ phí trước bạ nhà, đất theo điểm 11 Phụ lục I Thông tư 89.
- Hồ sơ khai lệ phí trước bạ tàu thuyền đánh cá, tàu thuyền vận tải thủy nội địa, tàu biển thiếu hồ sơ gốc hoặc đóng mới tại Việt Nam có mẫu riêng, cũng tại điểm 11 Phụ lục I.
- Hồ sơ khai lệ phí trước bạ tài sản khác theo pháp luật về lệ phí trước bạ, mẫu tại điểm 11 Phụ lục I.
- Có một nhóm được miễn nộp hồ sơ khai lệ phí trước bạ, quy định tại khoản 10 Điều 11 Nghị định 252/2026.
Các khoản phí, lệ phí khác
| Khoản thu | Kỳ khai |
|---|---|
| Phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp | Theo quý |
| Phí bảo vệ môi trường đối với khí thải | Theo quý |
| Phí, lệ phí do cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài thu | Theo Điều 28 Thông tư 89 |
| Các khoản phí, lệ phí khác | Theo tháng |
| Quyết toán phí của tổ chức thu phí | Theo năm |
Với phí sử dụng đường bộ thu qua đầu phương tiện đối với xe ô tô, Cục Đăng kiểm Việt Nam có trách nhiệm khai, nộp và quyết toán khoản phí này.
Xe ô tô của lực lượng quân đội và công an nằm ngoài phạm vi này.
Ba việc nên đưa vào lịch nội bộ
- Đặt lịch nộp tờ khai phí bảo vệ môi trường hằng tháng cho mọi mỏ, gồm cả tháng dừng khai thác, để tránh lỗi chậm nộp hồ sơ.
- Rà lại hợp đồng thu mua gom khoáng sản để xác định bên nào đã đăng ký nộp thay, vì việc này quyết định luôn nơi nộp hồ sơ.
- Tách riêng lịch khai quý cho nước thải công nghiệp và khí thải, do hai khoản này lệch nhịp với phí khoáng sản.
Xem thêm: Khai thuế tài nguyên: kỳ tháng, quyết toán năm và nơi nộp
Tháng không khai thác được tấn nào thì có phải nộp tờ khai không?
Có. Điều 26 buộc kê khai và nộp tờ khai ngay cả khi trong tháng không phát sinh phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản.
Bên thu mua gom khoáng sản có phải khai phí không?
Có, khi đã đăng ký nộp thay người khai thác. Khi đó hồ sơ nộp tại cơ quan thuế quản lý chính bên thu mua, thay vì nơi khai thác.
Khoản phí này có phải quyết toán năm không?
Có. Đây là khoản thu khai theo tháng và quyết toán năm, kể cả khi doanh nghiệp tạm ngừng hoạt động không trọn năm.
Khai thác một đợt ngắn rồi dừng thì khai theo kỳ nào?
Theo lần phát sinh, áp dụng cho khai thác không thường xuyên đã được cấp phép hoặc không thuộc diện phải cấp phép.
Một tháng phát sinh nhiều lần thì phải khai từng lần à?
Được chọn khai theo tháng, với điều kiện các lần đó cùng khai với một cơ quan thuế.
Phí bảo vệ môi trường với nước thải khai cùng kỳ với phí khoáng sản không?
Không. Nước thải công nghiệp và khí thải khai theo quý, còn phí khoáng sản khai theo tháng.
Doanh nghiệp có hai mỏ ở hai tỉnh thì nộp một hay hai bộ hồ sơ?
Nộp cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp nơi thực hiện hoạt động khai thác, nên mỗi nơi khai thác là một đầu mối kê khai.
- Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15.
- Nghị định số 252/2026/NĐ-CP hướng dẫn Luật Quản lý thuế, hiệu lực từ 01/07/2026: Điều 10 và Điều 11.
- Thông tư số 89/2026/TT-BTC, hiệu lực từ 01/07/2026: Điều 26 và Điều 28.
