Bài viết theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC hướng dẫn Luật Quản lý thuế và Nghị định số 252/2026/NĐ-CP, cả ba hiệu lực từ ngày 01/07/2026
Nhận thông báo giải trình của cơ quan thuế là chuyện thường gặp. Điều đáng biết là số lần yêu cầu bị giới hạn, thời hạn trả lời được ấn định, và hậu quả của việc để trôi cũng được ghi rõ trong Điều 87 Thông tư 89.
Tối đa hai lần, mỗi lần 10 ngày làm việc
Cơ quan thuế thông báo cho người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu không quá 02 lần đối với mỗi hồ sơ khai thuế được kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế. Thời hạn giải trình, cung cấp thêm tài liệu hoặc khai bổ sung hồ sơ khai thuế là 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo lần 2.
Năm hướng kết thúc của một lần giải trình
| Doanh nghiệp làm gì | Kết quả |
|---|---|
| Giải trình lần 1 hoặc lần 2, chứng minh được số thuế đã khai là đúng | Hồ sơ thuế được chấp nhận, hồ sơ giải trình lưu cùng hồ sơ thuế |
| Khai bổ sung trước khi giải trình, chứng minh được số thuế đã khai là đúng | Hồ sơ thuế được chấp nhận, tờ khai bổ sung và hồ sơ giải trình lưu cùng hồ sơ thuế |
| Đã giải trình nhưng chưa đủ căn cứ, còn nội dung cần làm rõ | Cơ quan thuế ra thông báo lần 2 theo mẫu số 02/KTT, doanh nghiệp có thêm 10 ngày làm việc |
| Hết hạn thông báo lần 2 mà không giải trình hoặc không chứng minh được | Cơ quan thuế ấn định số thuế phải nộp nếu có đủ căn cứ ấn định |
| Không đủ căn cứ ấn định | Cơ quan thuế ra quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, hoặc lấy làm cơ sở xây dựng kế hoạch kiểm tra theo quản lý rủi ro |
Kết thúc việc rà soát nội dung giải trình, cơ quan thuế lập Biên bản làm việc theo mẫu số 03/KTT.
Khi đã đủ cơ sở xác định hành vi vi phạm, nội dung vi phạm, số tiền dự kiến truy thu và cách xử lý, cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế theo mẫu số 04/KTT.
Kiểm tra trực tuyến, từ xa
Điều 89 mở một cách làm mới. Kiểm tra trực tuyến, từ xa áp dụng cho cả kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế lẫn kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, thực hiện bằng phương thức điện tử qua cổng giao tiếp điện tử, dựa trên Hệ thống thông tin quản lý thuế và dữ liệu do người nộp thuế cung cấp bằng phương thức điện tử.
- Giải trình, trao đổi, thu thập thông tin tài liệu, lập biên bản và ban hành văn bản, kết luận, quyết định xử lý đều làm bằng phương thức điện tử.
- Hồ sơ, tài liệu trong quá trình kiểm tra được ký điện tử theo quy định.
- Kết thúc cuộc kiểm tra, các văn bản, tài liệu, dữ liệu điện tử là căn cứ xử lý kết quả được lưu trữ hồ sơ điện tử, và cổng giao tiếp điện tử sẽ được đóng.
- Dữ liệu điện tử chưa đủ căn cứ để kết luận và cần xác minh thực tế thì cơ quan thuế chuyển sang kiểm tra trực tiếp tại trụ sở người nộp thuế.
Bốn trường hợp kiểm tra hoàn thuế vẫn làm tại trụ sở cơ quan thuế
- Hoàn thuế giá trị gia tăng cho chương trình, dự án viện trợ không hoàn lại thuộc hỗ trợ phát triển chính thức, do tổ chức được hưởng ưu đãi miễn trừ ngoại giao thực hiện.
- Hoàn thuế giá trị gia tăng cho hàng hóa, dịch vụ mua trong nước bằng nguồn vốn viện trợ không hoàn lại không thuộc hỗ trợ phát triển chính thức, do tổ chức được hưởng ưu đãi miễn trừ ngoại giao thực hiện.
- Hoàn thuế giá trị gia tăng cho hàng hóa, dịch vụ mua tại Việt Nam của đối tượng được hưởng quyền ưu đãi miễn trừ ngoại giao.
- Kiểm tra trước hoàn, kiểm tra sau hoàn hoặc kiểm tra miễn giảm thuế mà người nộp thuế không có trụ sở, hoặc cơ quan thuế không thể kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế.
Xem thêm: Kiểm tra thuế: kiểm tra ở đâu, khi nào bị chọn và chế độ ưu tiên
Cơ quan thuế được yêu cầu giải trình mấy lần cho một hồ sơ?
Không quá 02 lần đối với mỗi hồ sơ khai thuế được kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế.
Nhận thông báo lần 2 thì có bao nhiêu ngày để trả lời?
10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo lần 2.
Có được khai bổ sung thay cho giải trình không?
Có. Điểm d khoản 3 Điều 87 chấp nhận hồ sơ thuế khi doanh nghiệp khai bổ sung trước lúc giải trình mà chứng minh được số thuế đã khai là đúng.
Bỏ qua thông báo lần 2 thì hậu quả gì?
Cơ quan thuế ấn định số thuế phải nộp nếu đủ căn cứ. Không đủ căn cứ ấn định thì ra quyết định kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp.
Kiểm tra từ xa có thay hẳn kiểm tra tại chỗ không?
Không. Khoản 4 Điều 89 cho phép chuyển sang kiểm tra trực tiếp tại trụ sở khi dữ liệu điện tử chưa đủ căn cứ kết luận và cần xác minh thực tế.
- Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15: Điều 22.
- Thông tư số 89/2026/TT-BTC, hiệu lực từ 01/07/2026: Điều 87, Điều 88 và Điều 89.
