Bài viết theo Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, hiệu lực từ ngày 01/07/2026
Luật Quản lý thuế trước đây có hẳn một chương mang tên Thanh tra, kiểm tra thuế. Luật số 108/2025 không còn chương đó. Cơ quan thuế nay chỉ kiểm tra thuế, còn thanh tra do cơ quan thanh tra thực hiện theo Luật Thanh tra.
- Luật Quản lý thuế mới không còn chương thanh tra thuế.
- Cơ quan thanh tra thanh tra hoạt động của cơ quan quản lý thuế, và có thể thanh tra trực tiếp người nộp thuế theo Luật Thanh tra.
- Kết luận về nghĩa vụ thuế do cơ quan thanh tra xác định, cơ quan thuế chỉ căn cứ vào đó để xử phạt.
- Doanh nghiệp không đồng ý thì khiếu nại kết luận của cơ quan thanh tra, không phải của cơ quan thuế.
- Thanh tra tại cơ quan thuế mà đụng đến nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp thì doanh nghiệp nhận bản trích sao.
- Kiểm toán nhà nước có cơ chế song song y hệt.
- Kiểm tra thuế không trùng lặp về nội dung, phạm vi, thời gian với thanh tra và kiểm toán.
- Vụ việc phức tạp, phạm vi rộng thì cơ quan thuế chuyển hồ sơ sang cơ quan thanh tra.
Ba nhiệm vụ của cơ quan thanh tra
Luật Quản lý thuế đặt nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan thanh tra thành ba điểm.
| Tình huống | Ai xác định nghĩa vụ thuế | Doanh nghiệp nhận gì |
|---|---|---|
| Thanh tra hoạt động của cơ quan quản lý thuế | Chưa đụng đến người nộp thuế | Không có |
| Cơ quan thanh tra trực tiếp thanh tra người nộp thuế theo Luật Thanh tra | Cơ quan thanh tra xác định hành vi vi phạm trong lĩnh vực quản lý thuế | Biên bản, kết luận hoặc quyết định xử lý sau thanh tra |
| Cơ quan thanh tra thanh tra tại cơ quan quản lý thuế nhưng có kiến nghị liên quan đến nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp | Cơ quan thanh tra xác định hành vi vi phạm | Bản trích sao kết luận hoặc quyết định xử lý sau thanh tra |
Với trường hợp thanh tra trực tiếp: nếu không đồng ý với kết luận, quyết định xử lý sau thanh tra và việc xác định hành vi vi phạm, người nộp thuế có quyền khiếu nại kết luận, quyết định của cơ quan thanh tra.
Với trường hợp thanh tra tại cơ quan thuế: nếu không đồng ý với nghĩa vụ thuế phải nộp, người nộp thuế có văn bản đề nghị cơ quan quản lý thuế và cơ quan thanh tra xem xét lại. Cơ quan thanh tra chủ trì, phối hợp với cơ quan quản lý thuế để xác định chính xác.
Khiếu nại nhầm địa chỉ làm mất thời gian và có thể quá thời hiệu. Đọc kỹ văn bản nhận được là do cơ quan nào ban hành.
Ở cả hai trường hợp, cơ quan quản lý thuế căn cứ hành vi vi phạm hành chính ghi tại văn bản do cơ quan thanh tra lập và gửi sang để tiến hành xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế theo Luật Xử lý vi phạm hành chính và Luật Quản lý thuế.
Kiểm toán nhà nước
Cơ chế của Kiểm toán nhà nước được viết song song, cùng ba điểm.
- Kiểm toán hoạt động của cơ quan quản lý thuế theo pháp luật về kiểm toán nhà nước.
- Trực tiếp kiểm toán người nộp thuế: Kiểm toán nhà nước xác định hành vi vi phạm và gửi biên bản hoặc báo cáo kiểm toán cho người nộp thuế. Người nộp thuế có trách nhiệm thực hiện kiến nghị và có quyền khiếu nại kiến nghị của Kiểm toán nhà nước.
- Kiểm toán tại cơ quan quản lý thuế nhưng có kiến nghị liên quan đến nghĩa vụ thuế: gửi bản trích sao cho người nộp thuế, cơ quan quản lý thuế tổ chức thực hiện. Không đồng ý thì đề nghị xem xét lại, Kiểm toán nhà nước chủ trì phối hợp với cơ quan quản lý thuế.
Ranh giới với kiểm tra thuế
Kiểm tra thuế vẫn là việc của cơ quan thuế, và Luật đặt một nguyên tắc rõ: việc kiểm tra thuế của cơ quan thuế không trùng lặp về nội dung, phạm vi, thời gian giữa cơ quan thanh tra, kiểm tra và Kiểm toán nhà nước, trừ trường hợp có bằng chứng, căn cứ vi phạm cần kiểm tra lại.
Đây là căn cứ để doanh nghiệp từ chối một cuộc kiểm tra trùng với nội dung và thời kỳ vừa được thanh tra hoặc kiểm toán, trừ khi có bằng chứng vi phạm mới.
Chiều ngược lại: qua kiểm tra thuế, nếu là vụ việc phức tạp, phạm vi rộng thì cơ quan thuế chuyển hồ sơ sang cơ quan thanh tra để tiến hành thanh tra. Nếu phát hiện hành vi vi phạm về thuế có dấu hiệu tội phạm thì chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra.
Khai bổ sung khi đã có quyết định thanh tra
Người nộp thuế được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ của kỳ tính thuế có sai sót, trong các trường hợp sau.
| Trường hợp | Nội dung |
|---|---|
| a | Trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra |
| b | Hồ sơ không thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra nêu tại quyết định thanh tra, kiểm tra |
| c | Hồ sơ không thuộc trường hợp cơ quan điều tra yêu cầu không được khai bổ sung để phục vụ điều tra vụ án |
| d | Sai sót liên quan đến phạm vi, thời kỳ đã thanh tra, kiểm tra: được bổ sung hồ sơ giải trình |
| đ | Các trường hợp thực hiện theo kết luận, quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền liên quan đến nội dung xác định nghĩa vụ thuế |
Trước đây, sai sót thuộc thời kỳ đã thanh tra, kiểm tra gần như không có cửa tự sửa. Nay khi phát hiện sai sót làm tăng số thuế phải nộp, giảm số thuế đã được miễn, giảm, hoàn, giảm số thuế được khấu trừ, giảm số thuế đã nộp thừa, doanh nghiệp được bổ sung hồ sơ giải trình với cơ quan thuế.
Cơ quan thuế có trách nhiệm rà soát; nếu chấp thuận thì ban hành thông báo chấp thuận cho điều chỉnh hồ sơ khai thuế.
Đổi lại, người nộp thuế bị xử lý như trường hợp cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra phát hiện, tức không được hưởng mức nhẹ của việc tự khai bổ sung.
Luật cũng ràng buộc phía cơ quan thuế: công chức thanh tra, kiểm tra thuế liên quan đến hồ sơ giải trình chịu trách nhiệm về sai sót chưa được phát hiện đầy đủ qua kiểm tra, trong trường hợp tuân thủ chưa đúng quy định.
Việc cần làm khi có thanh tra
- Đọc kỹ quyết định thanh tra: cơ quan nào ban hành, phạm vi và thời kỳ nào.
- Rà soát ngay các kỳ ngoài phạm vi, thời kỳ ghi trong quyết định, vì vẫn còn quyền khai bổ sung bình thường.
- Với các kỳ trong phạm vi đã thanh tra, cân nhắc bổ sung hồ sơ giải trình và chấp nhận bị xử lý như trường hợp cơ quan thuế phát hiện.
- Đối chiếu nội dung, phạm vi, thời gian với các cuộc thanh tra, kiểm toán gần nhất để phát hiện trùng lặp.
- Xác định đúng cơ quan ban hành kết luận trước khi khiếu nại.
- Với bản trích sao nhận từ cơ quan thanh tra, gửi văn bản đề nghị xem xét lại đến cả cơ quan thuế và cơ quan thanh tra nếu không đồng ý.
Cơ quan thuế còn thanh tra doanh nghiệp không?
Luật Quản lý thuế số 108/2025 không còn chương thanh tra thuế. Cơ quan thuế thực hiện kiểm tra thuế. Việc thanh tra người nộp thuế do cơ quan thanh tra thực hiện theo quy định của Luật Thanh tra.
Ai xác định số thuế phải nộp sau khi thanh tra?
Cơ quan thanh tra có trách nhiệm xác định hành vi vi phạm trong lĩnh vực quản lý thuế của người nộp thuế và gửi biên bản, kết luận hoặc quyết định xử lý sau thanh tra cho người nộp thuế.
Không đồng ý với kết luận thanh tra thì khiếu nại ai?
Khiếu nại kết luận, quyết định của cơ quan thanh tra, nếu cơ quan thanh tra trực tiếp thanh tra doanh nghiệp. Nếu cơ quan thanh tra chỉ thanh tra tại cơ quan quản lý thuế, doanh nghiệp có văn bản đề nghị cơ quan quản lý thuế và cơ quan thanh tra xem xét lại nghĩa vụ thuế.
Ai ra quyết định xử phạt sau thanh tra?
Cơ quan quản lý thuế, căn cứ hành vi vi phạm hành chính của người nộp thuế tại văn bản do cơ quan thanh tra lập và gửi cho cơ quan quản lý thuế, xử phạt theo Luật Xử lý vi phạm hành chính và Luật Quản lý thuế.
Vừa bị kiểm toán nhà nước xong có bị kiểm tra thuế lại nội dung đó không?
Việc kiểm tra thuế của cơ quan thuế không trùng lặp về nội dung, phạm vi, thời gian giữa cơ quan thanh tra, kiểm tra, Kiểm toán nhà nước, trừ trường hợp có bằng chứng, căn cứ vi phạm cần kiểm tra lại.
Đã có quyết định thanh tra rồi thì còn khai bổ sung được không?
Được với hồ sơ không thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra nêu tại quyết định. Với hồ sơ trong phạm vi và thời kỳ đã thanh tra, kiểm tra, doanh nghiệp được bổ sung hồ sơ giải trình với cơ quan thuế.
Bổ sung hồ sơ giải trình thì có bị coi là tự khai bổ sung không?
Không. Người nộp thuế bị xử lý theo quy định như đối với trường hợp cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền thanh tra, kiểm tra phát hiện.
Cơ quan thuế phát hiện vụ việc lớn thì làm gì?
Chuyển hồ sơ sang cơ quan thanh tra để tiến hành thanh tra đối với vụ việc phức tạp, phạm vi rộng; chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra đối với trường hợp qua kiểm tra thuế phát hiện hành vi vi phạm về thuế có dấu hiệu tội phạm.
Kiểm toán nhà nước kiểm toán tại cơ quan thuế mà kiến nghị truy thu doanh nghiệp thì sao?
Kiểm toán nhà nước gửi bản trích sao các văn bản có kiến nghị liên quan đến nghĩa vụ thuế cho người nộp thuế để thực hiện, cơ quan quản lý thuế tổ chức thực hiện kiến nghị. Không đồng ý thì người nộp thuế có văn bản đề nghị cơ quan quản lý thuế và Kiểm toán nhà nước xem xét lại.
- Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15
- Luật Xử lý vi phạm hành chính
Xem thêm: Kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế
