Hướng dẫn quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định hiện hành

Cập nhật theo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 67/2025/QH15, Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15, Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Thông tư 89/2026/TT-BTC

Quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) là việc chốt lại nghĩa vụ thuế của cả năm, sau khi đã tạm nộp theo từng quý. Hai chỗ dễ sai nhất trong hồ sơ quyết toán là chọn nhầm thuế suất và tạm nộp thiếu trong năm, mà cả hai đều đã có quy định mới. Bài viết đi từ thuế suất, sang nghĩa vụ tạm nộp và thời hạn, rồi tới điều kiện của khoản chi được trừ và cách xử lý khi phát hiện sai sót.

Thuế suất TNDN không còn một mức duy nhất

Tại Điều 10 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 67/2025/QH15, hiệu lực từ ngày 01/10/2025, thuế suất phổ thông là 20%, nhưng doanh nghiệp có quy mô doanh thu nhỏ được áp mức thấp hơn. Đây là điểm phải kiểm lại đầu tiên khi lập tờ khai quyết toán, vì chọn sai bậc thuế suất thì toàn bộ số liệu phía sau đều lệch.

Doanh thu làm căn cứ xác định bậc thuế suất là tổng doanh thu của kỳ tính thuế TNDN trước liền kề, không phải doanh thu của chính năm đang quyết toán. Việc xác định tổng doanh thu làm căn cứ áp dụng thực hiện theo quy định của Chính phủ. Ngoài ba bậc trên, Luật còn quy định thuế suất riêng cho hoạt động tìm kiếm, thăm dò và khai thác dầu khí và cho hoạt động thăm dò, khai thác tài nguyên quý hiếm.

Tạm nộp theo quý và ngưỡng 80%

Tại khoản 1 Điều 21 Thông tư 89/2026/TT-BTC, thuế TNDN là loại thuế tạm nộp theo quý và quyết toán năm, trừ các trường hợp khai theo từng lần phát sinh. Doanh nghiệp không nộp tờ khai thuế theo quý mà chỉ tự xác định số tạm nộp.

Tại khoản 3 Điều 24 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, người nộp thuế tự xác định số thuế tạm nộp hằng quý nhưng tổng số đã tạm nộp của 04 quý không được thấp hơn 80% số thuế phải nộp theo quyết toán năm do chính người nộp thuế kê khai. Nộp thiếu so với ngưỡng này thì phải nộp tiền chậm nộp tính trên phần thiếu, kể từ ngày liền kề sau hạn tạm nộp quý 4 cho tới khi nộp đủ, kể cả trường hợp phần thiếu chỉ lộ ra sau khi kê khai bổ sung.

Vì ngưỡng 80% tính trên cả năm, quý 4 là điểm chốt quan trọng nhất. Kế toán nên ước tính kết quả cả năm ngay trong tháng 1 của năm sau, trước hạn tạm nộp quý 4, thay vì đợi tới lúc lập báo cáo tài chính mới biết đã nộp thiếu.

Điều kiện của khoản chi được trừ

Tại khoản 1 Điều 9 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 67/2025/QH15, doanh nghiệp được trừ khoản chi khi xác định thu nhập chịu thuế nếu khoản chi thực tế phát sinh liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh, và có đủ hoá đơn, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định của pháp luật, trừ các trường hợp đặc thù theo quy định của Chính phủ.

Điều kiện chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt nay đặt ra cho các khoản chi nói chung, không gắn với một ngưỡng giá trị cố định như cách làm quen thuộc trước đây. Khi rà chi phí trước quyết toán, cần soát lại nhóm chi trả bằng tiền mặt cho nhà cung cấp nhỏ và các khoản chi phát sinh ở đơn vị phụ thuộc, vì đây là nhóm dễ vướng nhất.

Cũng tại Điều 9, các khoản không được trừ gồm khoản chi không đáp ứng đủ điều kiện nêu trên, tiền phạt do vi phạm hành chính, khoản chi được bù đắp bằng nguồn kinh phí khác và các khoản chi vượt mức do Chính phủ quy định. Danh mục chi tiết nằm tại Điều 10 Nghị định 320/2025/NĐ-CP.

Phát hiện sai sót sau khi đã nộp hồ sơ

Tại khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15, người nộp thuế phát hiện hồ sơ đã nộp có sai, sót thì được khai bổ sung trong thời hạn 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ của kỳ tính thuế có sai, sót. Quyền khai bổ sung áp dụng khi cơ quan thuế chưa công bố quyết định thanh tra, kiểm tra, hoặc khi hồ sơ không thuộc phạm vi và thời kỳ thanh tra, kiểm tra đã nêu trong quyết định.

Thời hạn nộp hồ sơ khai bổ sung là ngày cuối cùng của thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót. Doanh nghiệp phát hiện sớm thì chủ động khai bổ sung, đừng đợi tới kỳ thanh tra vì lúc đó quyền này bị giới hạn lại.

Hai vướng mắc thường gặp