Đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử và trường hợp bị coi là rủi ro cao

Bài viết theo các Điều 6, 7 và 11 Thông tư 91/2026/TT-BTC, hiệu lực từ ngày 01/7/2026

Việc đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử giờ chạy tự động và có bước đối chiếu sinh trắc học của người đại diện. Hồ sơ có thể bị dừng lại chỉ vì không kịp bấm xác nhận, hoặc vì địa chỉ trụ sở nằm trong danh sách dấu hiệu rủi ro.

Đăng ký ở đâu

• Thông thường: qua tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử.
• Trường hợp được miễn phí dịch vụ: qua Hệ thống thông tin quản lý thuế, hoặc qua tổ chức cung cấp dịch vụ được Cục Thuế ủy thác.
• Doanh nghiệp gửi dữ liệu trực tiếp đến cơ quan thuế: qua Hệ thống thông tin quản lý thuế hoặc Cổng Dịch vụ công Quốc gia.
• Tổ chức nước ngoài kinh doanh qua nền tảng thương mại điện tử, nền tảng số đăng ký tự nguyện: qua Hệ thống thông tin quản lý thuế.

Nội dung đăng ký theo Mẫu số 01/ĐKTĐ-HĐĐT Phụ lục III. Hệ thống gửi thông báo tiếp nhận hoặc không tiếp nhận theo Mẫu số 01/TB-TNĐT qua địa chỉ thư điện tử đã đăng ký, hoặc qua tổ chức cung cấp dịch vụ, hoặc qua Cổng Dịch vụ công Quốc gia.

Đơn vị đang thuộc trường hợp ngừng hoặc tạm ngừng sử dụng hóa đơn điện tử thì chưa đăng ký hay thay đổi đăng ký theo đường này được.

Ba bước hệ thống chạy

• Đối chiếu tự động trong 01 ngày làm việc. Hệ thống so thông tin của người đại diện theo pháp luật, đại diện hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh, chủ doanh nghiệp tư nhân giữa dữ liệu đăng ký doanh nghiệp, đăng ký thuế với Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư hoặc Hệ thống định danh và xác thực điện tử, gồm cả thông tin sinh trắc học.
• Thông tin lệch: hệ thống tự gửi thông báo không chấp nhận và chỉ ra các trường thông tin không khớp, ngay trong ngày làm việc hoặc chậm nhất ngày làm việc tiếp theo, để người nộp thuế sửa lại.
• Thông tin khớp: hệ thống gửi yêu cầu xác nhận qua địa chỉ thư điện tử và số điện thoại của người đại diện theo thông tin trong hồ sơ đăng ký thuế, đăng ký doanh nghiệp.

Xác nhận đúng hạn và không thuộc nhóm rủi ro thì chậm nhất ngày làm việc tiếp theo, cơ quan thuế ban hành Thông báo chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử.

Năm dấu hiệu rủi ro cao khi đăng ký

• Chủ sở hữu, người đại diện theo pháp luật, đại diện hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh hoặc chủ doanh nghiệp tư nhân đồng thời là người giữ vai trò đó ở một đơn vị đã có kết luận của cơ quan quản lý nhà nước về hành vi gian lận, mua bán hóa đơn trên cơ sở dữ liệu của cơ quan thuế.
• Những người nêu trên thuộc danh sách có giao dịch đáng ngờ theo Luật Phòng, chống rửa tiền.
• Đăng ký địa chỉ trụ sở chính không có địa chỉ cụ thể theo địa giới hành chính, hoặc tại căn hộ chung cư. Loại trừ căn hộ hoặc phần diện tích nhà chung cư được phép dùng cho mục đích kinh doanh, và loại trừ cá nhân kinh doanh.
• Người đại diện theo pháp luật hoặc chủ sở hữu đồng thời là người đại diện hoặc chủ sở hữu của một đơn vị có mã số thuế ở trạng thái ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực, hoặc không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký, hoặc đơn vị có hành vi vi phạm về thuế, hóa đơn, chứng từ.
• Dấu hiệu rủi ro khác do cơ quan thuế xác định theo Thông tư 94/2026/TT-BTC, có thông báo cho người nộp thuế biết và giải trình.

Dấu hiệu thứ ba là chỗ nhiều doanh nghiệp nhỏ vướng phải: đặt trụ sở tại căn hộ chung cư mà phần diện tích đó không thuộc diện được phép kinh doanh.

Bị xếp vào nhóm rủi ro thì làm gì

• Trong 01 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận đăng ký, cơ quan thuế ban hành Thông báo về việc giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu theo Mẫu số 01/TB-BSTT-NNT, hoặc cơ quan thuế quản lý trực tiếp xác minh hoạt động thực tế tại địa chỉ đã đăng ký.
• Người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu trong 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được thông báo.
• Cơ quan thuế chấp nhận giải trình, hoặc kết quả xác minh cho thấy có hoạt động tại địa chỉ đăng ký, thì ban hành Thông báo chấp nhận đăng ký.
• Không giải trình, quá hạn không giải trình được, hoặc xác minh cho thấy không hoạt động tại địa chỉ đăng ký, thì chậm nhất ngày làm việc tiếp theo cơ quan thuế ban hành Thông báo không chấp nhận đăng ký và ghi rõ lý do.

Chuyển đổi áp dụng hóa đơn điện tử

Chuyển đổi tự nguyện

Đang dùng hóa đơn điện tử không có mã của cơ quan thuế mà muốn chuyển sang hóa đơn có mã thì làm thủ tục thay đổi thông tin sử dụng hóa đơn điện tử theo Mẫu số 01/ĐKTĐ-HĐĐT.

Chuyển đổi bắt buộc

• Đơn vị thuộc diện dùng hóa đơn không có mã mà bị xác định rủi ro cao về thuế theo Thông tư 94/2026/TT-BTC, và được cơ quan thuế thông báo theo Mẫu số 01/TB-KTT, thì phải chuyển sang hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế.
• Thời hạn: 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế thông báo, phải làm thủ tục thay đổi thông tin sử dụng hóa đơn điện tử.
• Sau 12 tháng kể từ thời điểm chuyển sang hóa đơn có mã, nếu muốn quay lại hóa đơn không có mã thì làm thủ tục thay đổi thông tin, cơ quan thuế xem xét chấp nhận hoặc không chấp nhận.

Thay đổi thông tin đã đăng ký

• Dùng cùng Mẫu số 01/ĐKTĐ-HĐĐT, nộp qua Hệ thống thông tin quản lý thuế hoặc qua tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử, theo đúng trình tự như khi đăng ký lần đầu.
• Công ty mẹ cần khai thác dữ liệu của chi nhánh, đơn vị phụ thuộc thì thông báo tới cơ quan thuế quản lý trực tiếp công ty mẹ theo cùng mẫu này.

Chuẩn bị trước khi đăng ký

• Đối chiếu thông tin người đại diện trên giấy đăng ký doanh nghiệp, hồ sơ đăng ký thuế và giấy tờ tùy thân cho khớp nhau trước khi nộp.
• Cập nhật đúng địa chỉ thư điện tử và số điện thoại của người đại diện trong hồ sơ đăng ký thuế, đây là nơi nhận yêu cầu xác nhận.
• Dặn người đại diện chờ sẵn để bấm xác nhận trong ngày nộp hồ sơ.
• Kiểm tra địa chỉ trụ sở có ghi cụ thể theo địa giới hành chính; đặt tại chung cư thì chuẩn bị giấy tờ chứng minh phần diện tích đó được phép kinh doanh.
• Rà lại xem người đại diện có đang đứng tên ở đơn vị nào đang ở trạng thái ngừng hoạt động hoặc không hoạt động tại địa chỉ đăng ký.
• Nếu nhận thông báo giải trình, trả lời trong 03 ngày làm việc, kèm chứng cứ về hoạt động thực tế tại trụ sở.

Bộ hồ sơ chứng minh hoạt động thực tế tại trụ sở gồm hợp đồng thuê, hóa đơn tiền điện nước, chứng từ mua bán phát sinh tại địa chỉ đó. Phần mềm kế toán VFRS lưu chứng từ theo kỳ để lấy ra nhanh khi cần giải trình, xem tại <a href=”https://app.vfrs.vn” target=”_blank” rel=”noopener”>app.vfrs.vn.

Xem thêm: Ngừng sử dụng hóa đơn điện tử: trường hợp và cách khôi phục