Chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng nhập khẩu: thời hạn nộp bổ sung

02/09/2026

Lô hàng về tới cảng mà chứng từ chứng nhận xuất xứ chưa kịp, doanh nghiệp vẫn thông quan được, chỉ là nộp thuế theo mức cao hơn rồi bổ sung sau. Thông tư 33/2023/TT-BTC đặt ra thời hạn bổ sung và các trường hợp cơ quan hải quan từ chối chứng từ, và hai chỗ đó quyết định doanh nghiệp có lấy lại được phần thuế chênh lệch hay không.

Chưa có chứng từ khi thông quan thì làm sao

Nguyên tắc chung là người khai hải quan nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ tại thời điểm làm thủ tục hải quan. Khi chưa có, hàng vẫn đi tiếp theo một trong hai hướng.

Sau đó người khai hải quan khai và nộp bổ sung chứng từ trong thời hạn quy định. Khi nộp đúng hạn, hàng hóa được áp mức thuế suất ưu đãi đặc biệt, và cơ quan hải quan xử lý số tiền thuế nộp thừa nếu số đã nộp lớn hơn số phải nộp. Với trường hợp có bảo lãnh, cơ quan hải quan cập nhật kết quả xử lý trên hệ thống và thông báo cho tổ chức tín dụng.

Hai mốc thời hạn nộp bổ sung

Với nhóm hàng thuộc điểm b và điểm c khoản 1 Điều 10 của thông tư, quy tắc khắt khe hơn hẳn: người khai hải quan nộp chứng từ tại thời điểm làm thủ tục hải quan, không có thì hàng hóa không được thông quan và bị xử lý theo quy định của pháp luật.

Ba trường hợp đặc biệt được nộp bổ sung

Điều 13 mở đường cho những lô hàng lúc đầu chưa cần chứng từ xuất xứ, sau đó mới phát sinh nghĩa vụ thuế nhập khẩu.

• Hàng hóa thay đổi mục đích sử dụng: hàng thuộc đối tượng không chịu thuế nhập khẩu, miễn thuế, xét miễn thuế hoặc áp thuế suất theo hạn ngạch thuế quan đã được giải phóng hoặc thông quan nhưng sau đó thay đổi đối tượng hoặc mục đích; nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để gia công, sản xuất hàng xuất khẩu và hàng tạm nhập tái xuất sau đó chuyển mục đích sử dụng, chuyển tiêu thụ nội địa.
• Hàng hóa thay đổi mã số hàng hóa: qua kiểm tra sau thông quan, thanh tra chuyên ngành hoặc nghiệp vụ khác, cơ quan hải quan xác định lại mã số, hoặc người khai hải quan tự phát hiện thay đổi mã số dẫn đến thay đổi thuế nhập khẩu so với thời điểm làm thủ tục.
• Hàng hóa chuyển từ diện ưu đãi đầu tư sang không thuộc diện ưu đãi đầu tư, do cơ quan hải quan xác định hoặc do người khai hải quan tự phát hiện, dẫn đến thay đổi nghĩa vụ thuế nhập khẩu.

Riêng trường hợp thay đổi mã số hàng hóa làm ảnh hưởng đến tiêu chí xuất xứ ghi trên chứng từ thì phải đi tiếp theo Điều 16 của thông tư.

Hai căn cứ để hải quan từ chối chứng từ

• Người khai hải quan nộp bổ sung chứng từ chứng nhận xuất xứ quá thời hạn quy định tại Điều 12.
• Cơ quan có thẩm quyền cấp chứng từ của nước xuất khẩu thông báo hủy chứng từ, hoặc thông báo hàng hóa không đáp ứng tiêu chí xuất xứ theo quy định của nước xuất khẩu.

Căn cứ thứ hai nằm ngoài tầm kiểm soát của doanh nghiệp nhập khẩu, nên hợp đồng mua bán nên có điều khoản ràng buộc trách nhiệm của người bán khi chứng từ xuất xứ bị hủy hoặc bị bác.

Xem thêm: Hệ sinh thái tận dụng các FTA và Quỹ Xúc tiến xuất khẩu ngành hàng

Kiểm tra chứng từ và điều kiện vận tải trực tiếp

Với hàng nhập khẩu từ nước có thỏa thuận ưu đãi đặc biệt về thuế nhập khẩu, cơ quan hải quan căn cứ quy tắc xuất xứ của từng hiệp định theo thông tư hướng dẫn của Bộ Công Thương, đối chiếu thông tin khai báo trên giấy chứng nhận xuất xứ với các chứng từ trong hồ sơ hải quan và kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa để xác định tính hợp lệ.

Khi chứng từ được cấp trên Cổng thông tin một cửa quốc gia, một cửa ASEAN hoặc trang thông tin điện tử do cơ quan có thẩm quyền nước xuất khẩu thông báo, cơ quan hải quan kiểm tra tính hợp lệ trên chính nguồn đó. Bên cạnh nội dung chứng từ, hồ sơ còn bị soi ở điều kiện vận tải trực tiếp theo Điều 18, giấy chứng nhận giáp lưng và giấy chứng nhận hàng hóa không thay đổi xuất xứ theo Điều 17, cùng việc trừ lùi giấy chứng nhận theo Điều 22 khi một lô hàng đưa từ kho ngoại quan vào nội địa nhiều lần.