Bài viết theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC hướng dẫn Luật Quản lý thuế và Nghị định số 252/2026/NĐ-CP, cả ba hiệu lực từ ngày 01/07/2026
Nộp thừa thuế không tự chảy về tài khoản doanh nghiệp. Điều 42 Thông tư 89 bắt nó đi qua một chuỗi bù trừ trước, và chỉ khi hết nợ mới tới lượt hồ sơ đề nghị hoàn trả. Điểm mới đáng chú ý là doanh nghiệp được tự chọn khoản nợ để bù trừ ngay trên tài khoản giao dịch thuế điện tử.
- Khoản nộp thừa có mã định danh thì hệ thống tự thanh toán thẳng theo mã.
- Không có mã định danh thì bù trừ theo bốn bước, từ hẹp ra rộng.
- Bước cuối cho phép bù trừ sang khoản nợ của người nộp thuế khác, cùng tiểu mục và cùng địa bàn.
- Doanh nghiệp tự chọn khoản nợ để bù trừ trên tài khoản giao dịch thuế điện tử, hệ thống tự xử lý theo lựa chọn đó.
- Bù trừ hết nợ mà vẫn còn dư thì mới nộp hồ sơ đề nghị hoàn trả.
- Thời điểm xác định nộp thừa thay đổi tùy cách xác định nghĩa vụ, có tới năm tình huống.
- Có bản án hay quyết định của tòa án thì lấy ngày bản án, quyết định có hiệu lực.
Có mã định danh thì đơn giản
Khoản đã nộp, nộp thừa có mã định danh khoản phải nộp thì cơ quan thuế thanh toán thẳng với khoản nợ hoặc với khoản thu phát sinh phải nộp của lần tiếp theo, theo chính mã định danh đó. Việc này do Hệ thống thông tin quản lý thuế làm tự động.
Không có mã thì bù trừ theo bốn bước
| Bước | Bù trừ với |
|---|---|
| Một | Khoản nợ đã được cấp mã định danh của chính người nộp thuế, cùng tiểu mục, cùng cơ quan thuế quản lý thu và cùng địa bàn hành chính |
| Hai | Khoản thu phát sinh đã được cấp mã định danh của chính người nộp thuế, cùng tiểu mục, cùng cơ quan thuế quản lý thu và cùng địa bàn hành chính |
| Ba | Khoản nợ hoặc khoản thu phát sinh của chính người nộp thuế nhưng khác tiểu mục, hoặc khác cơ quan thuế quản lý thu, hoặc khác địa bàn hành chính |
| Bốn | Khoản nợ hoặc khoản thu phát sinh của người nộp thuế khác, cùng tiểu mục, cùng cơ quan thuế quản lý thu và cùng địa bàn hành chính |
Ba yếu tố quyết định thứ tự là tiểu mục, cơ quan thuế quản lý thu và địa bàn hành chính. Trùng cả ba thì bù trừ ở bước gần nhất, lệch một trong ba thì rơi xuống bước ba. Bước bốn là bước duy nhất mở sang nghĩa vụ của người nộp thuế khác.
Doanh nghiệp được tự chọn khoản để bù trừ
- Hệ thống thông tin quản lý thuế tự động thanh toán theo mã định danh với các khoản thuộc bước một của quy trình.
- Với hai bước đầu, doanh nghiệp căn cứ thông tin nghĩa vụ thuế hiển thị trên tài khoản giao dịch thuế điện tử để chọn khoản nợ hoặc khoản thu phát sinh muốn bù trừ.
- Hệ thống tiếp nhận, kiểm tra thông tin, tự động bù trừ theo lựa chọn đó và cập nhật kết quả ngay trên tài khoản giao dịch điện tử.
Sau khi bù trừ theo khoản 1 và khoản 2 Điều 42 mà không còn khoản nợ nào thì người nộp thuế mới gửi hồ sơ đề nghị hoàn trả.
Hồ sơ hoàn trả tiền nộp thừa theo mục 2 Chương V Thông tư 89.
Thuế thu nhập cá nhân nộp thừa của tổ chức trả thu nhập
Tổ chức trả thu nhập chỉ bù trừ theo hai bước đầu. Số thuế thu nhập cá nhân nộp thừa khi quyết toán được xác định bằng số thuế nộp thừa của cá nhân ủy quyền quyết toán trừ đi số thuế còn phải nộp của cá nhân ủy quyền quyết toán. Tổ chức trả thu nhập có trách nhiệm trả phần nộp thừa đó cho cá nhân ủy quyền, ngay khi quyết toán thuế thu nhập cá nhân.
Riêng hoạt động dầu khí
Với hoạt động dầu khí và bán dầu khí, người nộp thuế có số thuế nộp thừa theo quyết toán năm được chọn giữa hai cách: bù trừ theo bốn bước nêu trên, hoặc bù trừ với số phải nộp tương ứng trên tờ khai của kỳ kế tiếp.
Ngày nào tính là ngày nộp thừa
| Cách xác định nghĩa vụ | Thời điểm xác định khoản nộp thừa |
|---|---|
| Tự tính, tự khai, tự nộp theo số đã kê khai | Ngày đã nộp tiền vào ngân sách nhà nước |
| Nộp tiền trước khi nộp hồ sơ khai thuế | Ngày nộp hồ sơ khai thuế |
| Có nộp hồ sơ khai bổ sung | Ngày nộp hồ sơ khai bổ sung |
| Theo Thông báo nộp tiền của cơ quan có thẩm quyền | Ngày đã nộp tiền, hoặc ngày ban hành thông báo điều chỉnh, bổ sung nếu có |
| Theo Quyết định hoặc văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền | Ngày nộp tiền vào ngân sách. Có nhiều quyết định hoặc văn bản thì căn cứ vào cái cuối cùng |
| Đã nộp tiền rồi sau đó thực hiện theo bản án, quyết định của tòa án | Ngày bản án, quyết định có hiệu lực |
| Xác định số được miễn, giảm theo quyết định của cơ quan thuế | Ngày ban hành quyết định của cơ quan thuế |
Bảng này quan trọng vì mốc xác định nộp thừa cũng chính là mốc bắt đầu đếm thời hạn mười năm, sau đó khoản nộp thừa có thể bị tất toán.
Xem thêm: Khoản nộp thừa quá 10 năm và việc từ chối nhận lại
Nộp thừa thuế giá trị gia tăng có được bù sang thuế thu nhập doanh nghiệp không?
Được, ở bước ba, khi khoản nộp thừa và khoản nợ khác tiểu mục nhưng cùng là nghĩa vụ của chính người nộp thuế đó.
Có được bù trừ nộp thừa của mình sang nợ của công ty khác không?
Có, ở bước bốn, với điều kiện cùng tiểu mục, cùng cơ quan thuế quản lý thu và cùng địa bàn hành chính.
Doanh nghiệp có được chọn bù trừ vào khoản nào không?
Có. Doanh nghiệp chọn khoản nợ hoặc khoản thu phát sinh ngay trên tài khoản giao dịch thuế điện tử, hệ thống tự bù trừ theo lựa chọn đó.
Khi nào mới được nộp hồ sơ hoàn trả tiền nộp thừa?
Sau khi bù trừ mà không còn khoản nợ nào.
Nộp tiền trước khi nộp tờ khai thì tính nộp thừa từ ngày nào?
Từ ngày nộp hồ sơ khai thuế, thay vì ngày chuyển tiền.
Nhân viên nộp thừa thuế thu nhập cá nhân thì công ty giữ hay trả?
Tổ chức trả thu nhập có trách nhiệm trả cho cá nhân ủy quyền quyết toán số thuế nộp thừa, ngay khi quyết toán.
Có nhiều quyết định về cùng một khoản thì lấy mốc nào?
Căn cứ vào quyết định hoặc văn bản cuối cùng.
Nộp thừa do bản án của tòa án thì tính từ ngày nào?
Ngày bản án, quyết định của tòa án có hiệu lực.
- Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15.
- Thông tư số 89/2026/TT-BTC, hiệu lực từ 01/07/2026: Điều 42.
[…] Xem thêm: Thứ tự bù trừ tiền thuế nộp thừa theo Thông tư 89 […]
[…] Xem thêm: Thứ tự bù trừ tiền thuế nộp thừa theo Thông tư 89 […]