Bài viết theo Thông tư 86/2026/TT-BTC có hiệu lực từ ngày 01/07/2026
Quyết định kiểm tra phải gửi chậm nhất 03 ngày làm việc kể từ ngày ký và trước thời điểm công bố 05 ngày làm việc, trừ khi kiểm tra theo dấu hiệu vi phạm. Giải trình được chấp nhận thì hồ sơ thuế được thông qua, còn không thì rẽ sang ba hướng, gồm cả ấn định thuế.
- Kiểm tra tại trụ sở cơ quan hải quan và tại trụ sở người nộp thuế.
- Giải trình đủ căn cứ thì hồ sơ thuế được chấp nhận.
- Không giải trình được: rẽ sang ba hướng xử lý.
- Kế hoạch kiểm tra lập theo nguyên tắc quản lý rủi ro.
- Đã nằm trong kế hoạch của cơ quan khác thì bị loại trừ.
- Quyết định kiểm tra gửi trong 03 ngày làm việc kể từ ngày ký.
- Và trước khi công bố 05 ngày làm việc.
- Kiểm tra theo dấu hiệu vi phạm thì không áp dụng mốc báo trước.
- Kiểm tra lại khi kết luận cũ chưa đầy đủ, chính xác.
Ai được quyết định kiểm tra thuế
- Cục trưởng Cục Hải quan.
- Chi cục trưởng Chi cục Hải quan khu vực.
- Đội trưởng Hải quan cửa khẩu và ngoài cửa khẩu.
- Đội trưởng Đội Thông quan.
- Đội trưởng Đội phúc tập và kiểm tra sau thông quan.
- Thủ trưởng cơ quan hải quan khác được giao thực hiện chức năng kiểm tra thuế.
Riêng kiểm tra sau thông quan thực hiện theo quy định của pháp luật về hải quan, không theo Thông tư này.
Kiểm tra tại trụ sở cơ quan hải quan
- Kiểm tra trong quá trình làm thủ tục hải quan mà phát hiện vi phạm dẫn đến thiếu thuế, trốn thuế: người nộp thuế phải nộp đủ thuế và bị xử lý theo quy định.
- Hồ sơ thuế có nội dung cần làm rõ về số thuế phải nộp, được miễn, được giảm, được hoàn, không thu, không chịu thuế: cơ quan hải quan thông báo yêu cầu giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu.
- Đã giải trình và bổ sung chứng minh số tiền thuế đã khai là đúng: hồ sơ thuế được chấp nhận.
- Không đủ căn cứ chứng minh: cơ quan hải quan yêu cầu khai bổ sung.
Thủ trưởng cơ quan hải quan quyết định ấn định số tiền thuế phải nộp.
Hoặc ban hành quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.
Hoặc làm căn cứ để xây dựng kế hoạch kiểm tra theo nguyên tắc quản lý rủi ro.
Ba hướng này áp dụng khi hết thời hạn theo thông báo mà người nộp thuế không giải trình, không khai bổ sung, hoặc giải trình và khai bổ sung không đúng.
Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế
Lập kế hoạch theo rủi ro
- Lựa chọn đối tượng kiểm tra gồm hàng hóa, tờ khai hải quan, người nộp thuế, hồ sơ thuế, theo nguyên tắc quản lý rủi ro.
- Danh sách được lập sau khi loại trừ các đối tượng đã thuộc kế hoạch điều tra chống buôn lậu, kiểm tra sau thông quan, kiểm tra chuyên ngành của hải quan; kế hoạch kiểm tra của cơ quan thuế hoặc Kiểm toán nhà nước; kế hoạch thanh tra của cơ quan thanh tra; và công tác điều tra của cơ quan công an.
- Danh sách phải được Thủ trưởng cơ quan hải quan phê duyệt trước khi thực hiện.
Kế hoạch được điều chỉnh khi có yêu cầu của Bộ trưởng Bộ Tài chính hoặc thủ trưởng cơ quan hải quan cấp trên, khi có đề xuất của bộ phận lập kế hoạch, hoặc khi có trùng lặp trong hoạt động kiểm tra.
Hai mốc báo trước
| Việc | Thời hạn |
|---|---|
| Gửi quyết định kiểm tra cho người nộp thuế | Chậm nhất 03 ngày làm việc kể từ ngày ký |
| Khoảng cách giữa việc gửi và thời điểm công bố quyết định | 05 ngày làm việc |
| Kiểm tra theo dấu hiệu vi phạm | Không áp dụng hai mốc trên |
Khi cần thiết, trước khi công bố quyết định kiểm tra, cơ quan hải quan có văn bản thông báo các nội dung cần chuẩn bị, chứng từ, hồ sơ, tài liệu liên quan, và yêu cầu cử người đại diện có thẩm quyền làm việc với Đoàn kiểm tra. Đoàn kiểm tra gồm Trưởng đoàn, Phó Trưởng đoàn nếu có, và các thành viên.
Kiểm tra lại
Cơ quan hải quan kiểm tra lại khi có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế thuộc phạm vi quyết định kiểm tra nhưng chưa được kiểm tra, phát hiện, chưa được kết luận, hoặc đã kết luận nhưng chưa đầy đủ, chính xác.
- Nguồn thứ nhất: cơ quan có thẩm quyền về thanh tra, kiểm toán, điều tra phát hiện và kiến nghị.
- Nguồn thứ hai: thông tin thu thập qua công tác nghiệp vụ của cơ quan hải quan, kiểm tra nội bộ, giải quyết đơn tố cáo, phản ánh.
- Nguồn thứ ba: thông tin từ phía doanh nghiệp, từ tổ chức, cá nhân có liên quan và các nguồn khác.
| Ai quyết định kiểm tra lại | Kiểm tra lại vụ việc do ai đã kiểm tra |
|---|---|
| Cục trưởng Cục Hải quan | Chi cục trưởng Chi cục Hải quan khu vực, Chi cục trưởng Chi cục Kiểm tra sau thông quan, thủ trưởng cơ quan hải quan được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế |
| Chi cục trưởng Chi cục Hải quan khu vực | Đội trưởng Hải quan cửa khẩu và ngoài cửa khẩu, Đội trưởng Đội Thông quan, thủ trưởng cơ quan hải quan thuộc Chi cục được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế |
Trình tự, thủ tục và nội dung kiểm tra lại thực hiện như kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.
Việc cần làm
- Nhận thông báo yêu cầu giải trình: trả lời đúng hạn và kèm chứng từ chứng minh số thuế đã khai.
- Không đủ căn cứ thì chủ động khai bổ sung, tránh bị ấn định thuế.
- Nhận quyết định kiểm tra: đếm mốc 05 ngày làm việc đến ngày công bố để chuẩn bị.
- Cử người đại diện có thẩm quyền làm việc với Đoàn kiểm tra.
- Chuẩn bị sẵn chứng từ, hồ sơ, tài liệu theo danh mục cơ quan hải quan thông báo.
- Kiểm tra theo dấu hiệu vi phạm thì không có thời gian báo trước, nên hồ sơ cần luôn sẵn sàng.
- Rà lại các hồ sơ đã được kết luận, vì kết luận chưa đầy đủ vẫn có thể bị kiểm tra lại.
- Lưu chứng từ theo tờ khai và theo lô hàng để đối chiếu nhanh khi được yêu cầu.
Ai có quyền quyết định kiểm tra thuế hàng xuất nhập khẩu?
Cục trưởng Cục Hải quan, Chi cục trưởng Chi cục Hải quan khu vực, Đội trưởng Hải quan cửa khẩu và ngoài cửa khẩu, Đội trưởng Đội Thông quan, Đội trưởng Đội phúc tập và kiểm tra sau thông quan, cùng thủ trưởng cơ quan hải quan khác được giao chức năng kiểm tra thuế.
Giải trình được chấp nhận thì sao?
Nếu người nộp thuế đã giải trình và bổ sung thông tin, tài liệu chứng minh số tiền thuế đã khai là đúng thì hồ sơ thuế được chấp nhận.
Không giải trình được thì cơ quan hải quan làm gì?
Thủ trưởng cơ quan hải quan quyết định ấn định số tiền thuế phải nộp, hoặc ban hành quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế, hoặc làm căn cứ xây dựng kế hoạch kiểm tra theo nguyên tắc quản lý rủi ro.
Quyết định kiểm tra được gửi trước bao lâu?
Chậm nhất trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày ký, và trước thời điểm công bố quyết định kiểm tra 05 ngày làm việc, trừ trường hợp kiểm tra theo dấu hiệu vi phạm.
Kiểm tra theo dấu hiệu vi phạm có báo trước không?
Không áp dụng các mốc gửi và công bố nêu trên.
Doanh nghiệp đã nằm trong kế hoạch thanh tra có bị kiểm tra thuế không?
Danh sách đối tượng kiểm tra được lập sau khi loại trừ các đối tượng thuộc kế hoạch điều tra chống buôn lậu, kiểm tra sau thông quan, kiểm tra chuyên ngành, kế hoạch kiểm tra của cơ quan thuế hoặc Kiểm toán nhà nước, kế hoạch thanh tra và công tác điều tra của cơ quan công an.
Khi nào bị kiểm tra lại?
Khi có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế thuộc phạm vi quyết định kiểm tra nhưng chưa được kiểm tra, phát hiện, chưa được kết luận, hoặc đã kết luận nhưng chưa đầy đủ, chính xác.
Ai quyết định kiểm tra lại?
Cục trưởng Cục Hải quan quyết định kiểm tra lại vụ việc do Chi cục trưởng đã kiểm tra. Chi cục trưởng Chi cục Hải quan khu vực quyết định kiểm tra lại vụ việc do Đội trưởng đã kiểm tra.
Kế hoạch kiểm tra có được điều chỉnh không?
Có, khi có yêu cầu của Bộ trưởng Bộ Tài chính hoặc thủ trưởng cơ quan hải quan cấp trên, khi có đề xuất của bộ phận lập kế hoạch, hoặc khi có trùng lặp trong hoạt động kiểm tra.
- Thông tư 86/2026/TT-BTC quy định về quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, Điều 37, 38, 39 và 40
- Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, Điều 22
- Nghị định 252/2026/NĐ-CP hướng dẫn Luật Quản lý thuế, Điều 39
Xem thêm: Nộp dần tiền thuế nợ và miễn tiền chậm nộp với hàng xuất nhập khẩu
