Khai bổ sung hồ sơ khai thuế: thời hạn, trường hợp và cách kê khai

Bài viết theo Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP, hiệu lực từ ngày 01/7/2026

Kê khai sai rồi phát hiện ra là chuyện thường gặp. Điều cần nắm là còn hạn để sửa hay không, sửa vào kỳ nào, và sửa xong thì bị tính tiền chậm nộp ra sao.

Năm trường hợp được khai bổ sung

• Trước khi cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra, kiểm tra. Đây là trường hợp phổ biến nhất.
• Hồ sơ không thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra nêu trong quyết định.
• Hồ sơ không thuộc trường hợp cơ quan điều tra yêu cầu tạm dừng khai bổ sung để phục vụ điều tra vụ án.
• Phát hiện sai sót trong phạm vi, thời kỳ đã thanh tra, kiểm tra làm tăng thuế phải nộp hoặc giảm số được miễn, giảm, hoàn, khấu trừ. Trường hợp này người nộp thuế nộp hồ sơ giải trình, cơ quan thuế rà soát rồi thông báo chấp thuận hoặc không chấp thuận.
• Thực hiện theo kết luận, quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền liên quan đến việc xác định nghĩa vụ thuế.

Khai vào kỳ nào

Hệ quả về tiền thuế và tiền chậm nộp

• Khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp, hoặc giảm số thuế đã được miễn, giảm, hoàn: nộp đủ phần tăng thêm hoặc phần đã được miễn, giảm, hoàn, kèm tiền chậm nộp nếu có.
• Khai bổ sung làm giảm số thuế phải nộp: được điều chỉnh giảm tiền chậm nộp và xử lý số nộp thừa theo quy định.
• Khai bổ sung tăng số thuế giá trị gia tăng đề nghị hoàn: chỉ được làm khi chưa nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế. Nộp hồ sơ hoàn rồi thì cửa này đóng lại.

Khi người bán bị kết luận vi phạm về hóa đơn

Nếu cơ quan điều tra, tòa án, kiểm toán nhà nước, cơ quan thanh tra hoặc cơ quan thuế có kết luận, bản án, quyết định xác định người bán sử dụng hóa đơn không hợp pháp hoặc sử dụng không hợp pháp hóa đơn, thì người mua đã dùng hóa đơn thuộc phạm vi kết luận đó phải khai bổ sung để điều chỉnh nghĩa vụ thuế, kể cả khi kỳ tính thuế đó đã được thanh tra, kiểm tra. Người mua bị xử lý như trường hợp cơ quan thuế phát hiện.

Đây là lý do việc kiểm tra tình trạng hoạt động của nhà cung cấp trước khi hạch toán hóa đơn đầu vào có giá trị thực tế, thay vì chỉ là thao tác cho đủ thủ tục.

Quá 05 năm thì làm gì

Nếu phát hiện sai sót làm tăng thuế phải nộp, giảm số được miễn, giảm, hoàn, hoặc giảm số thuế giá trị gia tăng khấu trừ chuyển kỳ sau, mà hồ sơ đã quá 05 năm kể từ ngày hết hạn nộp, thì người nộp thuế không được khai bổ sung nhưng được bổ sung hồ sơ giải trình với cơ quan thuế. Cơ quan thuế rà soát rồi ban hành thông báo chấp nhận, quyết định xử lý vi phạm hành chính nếu có, hoặc thông báo không chấp nhận.

Trường hợp bị tạm dừng khai bổ sung

Cơ quan điều tra được yêu cầu người nộp thuế không khai bổ sung khi người nộp thuế bị điều tra trong vụ việc, vụ án có dấu hiệu vi phạm pháp luật liên quan đến việc xác định nghĩa vụ thuế, hoặc đã có quyết định khởi tố vụ án hình sự. Văn bản đề nghị của cơ quan điều tra nêu rõ tên người nộp thuế, mã số thuế, loại thuế, kỳ tính thuế và thời gian áp dụng. Văn bản không ghi rõ thời gian thì việc tạm dừng chấm dứt khi cơ quan điều tra có thông báo kết thúc yêu cầu.

Việc nên làm ở doanh nghiệp

• Rà soát tờ khai đã nộp theo quý, sớm phát hiện thì còn ở nhóm tự khai trước thanh tra.
• Ghi lại ngày hết hạn nộp của từng kỳ để biết còn bao lâu trong mốc 05 năm.
• Trước khi nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng, soát lại toàn bộ số đề nghị hoàn, vì sau đó không còn được khai bổ sung tăng.
• Tách riêng phần chênh lệch thuế giá trị gia tăng khấu trừ chuyển kỳ sau để khai đúng vào kỳ phát hiện.
• Lưu hồ sơ chứng minh lý do điều chỉnh, phục vụ cho phần giải trình về sau.

Việc đối chiếu lại tờ khai của các kỳ đã nộp làm bằng tay rất dễ sót. Phần mềm kế toán VFRS giữ số liệu theo từng kỳ và so được số đã kê khai với số sổ sách, xem tại <a href=”https://app.vfrs.vn” target=”_blank” rel=”noopener”>app.vfrs.vn.

Xem thêm: Tiền chậm nộp thuế: mức tính, cách tính và trường hợp không bị tính